开场
3年前2000年2月26日
Goldman 大楼50层
Goldman：地球一直通过顺其自然的法则去调控世上各个物种数量，(拍桌子)之前人类不管自己知不知道一直都顺从这个调节系统和法则，但是今天，潘多拉的盒子正在被人类自己慢慢打开……
(死亡之屋2)场景：James 和 Gary出现在Goldman面前
James：这就是你最后要说的东西吗?Goldman!
第六关(希望)
回忆结束
Kate：走!
打死一只带激光剑的机器人后，两人乘电梯上楼。
Kate：James，你肯定你没事?
James：是的……我没事，我刚刚想起一些旧事。今天这一切都可以追溯回2000年，走吧，今天我们就可以一次过了结这次事件!
两人打倒敌人后来到一条楼梯上，但是James旧伤又再发作，痛苦的他只有停下来捂着伤处。
Kate：坚持住!不要放弃啊!
James：不用担心，我不会就这么死掉!
James：Goldman的办公室就在上边!快走!
这关出现的怪物(玩过2代的朋友一定对这些敌人不感到陌生，第6关的敌人已经不在是恐怖的僵尸了，而是机器人)
铁人机器人
描述：一个机器人，他可以从穿墙或者是突然出现在你眼前
攻击方式：基本上都是用拳头打你，打他的时候就打胸前的那V型标志
光刀机器人
描述：一个戴着墨镜，手变成了光刀的机器人
攻击方式：把光刀举起来砍你，打他的时候打头是最容易的
忍者机器人
描述：一个拿着两把小双矛，个头很小的机器人。
攻击方式：这是这GAME中最难打的敌人，他会瞬间移动。打他的时候一定要打头，要不然肯定会挨命，他可以扔出飞矛来打你，这时注意看，如果有飞矛飞过来就打掉，有时候他会瞬到你面前给你一刺，这时就要打他的头了，要不然就挨命。
Kate上到Goldman办公室，开始联网
Kate：我们搞定了!
James：Goldman!
Goldman在电脑中留言
Goldman：首先，我得恭喜你们!别担心，我不想用核弹毁灭世界，因为我并不想杀光所有人类，我的目的只是把他们重新回复到初始状态。但是潘多拉的盒子已经打开了，我也没办法阻止它。如果你们能来到这儿，那事情还是有转机的。
Kate：James，那是……!!!
窗外轰隆作响，广场中心慢慢升起，最终生物(Ultimate Thing)The World在科技和巫术的作用下驾临人世!
James：Kate，我们走!
The World出场，两人跑到Goldman广场
The World：我是最终生物……世人已无希望，看我的死亡灭世之锤如雨般落下!
James：Kate，这就是我们最后的敌人，竭尽全力打败它吧!
最终BOSS战
型号：TYPE β The World
描述：一个冰属性的人形蜻蜓
决战地点：Goldman大楼最底层
弱点：无法分析(中间那红色的心脏部位)
料理大全：这是死亡之屋之作中最容易对付的最终BOSS。他分有两种形态。第一形态分3招，第一招是冰尖柱，BOSS会发出一种小小的冰山，如果冰山打不爆的话就摇枪可以躲过他攻击。第二招是冰斧，他会招出一把冰斧然后向你砍，这时你就要打爆他的冰斧，一出现冰斧就要狂打，如果你的枪法太菜就扔雷。如果打到还剩一半血时他会出第三招，冰花，BOSS会向空中发出四个冰花，然后组成一个粉红色的冰花向你进攻，这时冰花的移动不是很快，只要你每次都能够打中冰花就行。如果打完他第一形态后BOSS变身进入第二态，这时BOSS会放冰龙出来，只要打得到龙头就行。具体出招是这样的。第一招是快速冰龙，他会连续放出几条冰龙来咬你，这时一排子弹打两条龙。第二招是旋转龙，他会放出一条龙从中心向外旋转，这时你就要准心跟住他转，没其他办法。第三招是双龙，他放出两条龙会伸到后面，这时画面切换到后面，龙从两边向相反方向咬来，这时你就要在画面没有切换的时候应该可以打爆一条龙，侍画面切换到后面时在打另一条龙。第四招是飞龙在天，他会把龙向上旋转升上空中，然后向下咬过来，这时你注意上升挠圈时左面的空挡可以扫掉一些血，到最高点时会从右面出来然后向左边小范围的旋转向下咬来，在他从右面出来的时候一排子弹要全中，如果他还有一丝血在上弹补上几发。最后一关很好打，熟悉之后就知道BOSS的弱点是不动的，在空余的时间可以打弱点。
打败The World后：
James：终于结束啦!
Kate：什么?!这东西竟然还在进化!
James：没办法了，我们必须把潘多拉的盒子关上，要不然我们就没有机会了!这是我们最后的希望，希望这东西能阻止它!Kate，永别了，记住永远不要放弃希望!
James手持微型定位器接近尚在进化中的最终生物，核弹如期击中目标，发生极其强烈的爆炸!
Kate:James!!!!!!!!!!!!!!
大爆炸后，空中漂浮着The World的碎片及残骸，Kate沮丧地发问
Kate：James...(喘气)接下来我应该怎么做?
Kate漫无目的的走出Goldman大楼，画面交错，音乐带有强烈宿命感和悲哀之情。
结局(成绩不一样会玩出不同的结局，本人只玩出了3个结局)
结局一：画面切换到Goldman大楼的办公室
Goldman桌上的电脑还没有关机。
画面显示
Goldman慢慢地走着，突然回头挥手说话。
Goldman：希望还真奇妙，噢，对了，人类尚未完全灭绝，往北走吧，那儿还有希望的。
视频镜头出现Goldman的模样，竟然是一副骇人的丧尸形相，双目赤红，面部肌肉绽开，仿佛预示着下一场浩劫的来临……
结局二：(以下的结局要在所有关卡中全部都得A，如果有一关得B的以下结局就不出现)：G(一代和三代的2P)出现在Goldman大楼广场中。
G：James，事情还没有完。我们会接着调查，直到查出事件的根源为止，现在你是休息的时候了，安息吧，James。G做了个再见的手势。
结局三：一个神秘人物拿着一个箱子在办公室上，正在策划下一场阴谋。
画面打出End字，End字下面的字幕显示故事会在《死亡之屋3》中续。
