3年前2000年2月26日
Goldman 大楼50层
Goldman：地球一直通过顺其自然的法则去调控世上各个物种数量，(拍桌子)之前人类不管自己知不知道一直都顺从这个调节系统和法则，但是今天，潘多拉的盒子正在被人类自己慢慢打开……
(Hod2)场景：James 和 Gary出现在Goldman面前
James：这就是你最后要说的东西吗?Goldman!
回忆结束
Kate：走!
打死一只带激光剑的机器人后，两人乘电梯上楼。
Kate：James，Are you sure you are right?
Kate：James，你肯定你没事?
James：是的……我没事，我刚刚想起一些旧事。今天这一切都可以追溯回2000年，走吧，今天我们就可以一次过了结这次事件!
两人且打且向Goldman办公室迈进，沿途与机械忍者和其他机械人混战。
Kate：我想这儿的摆设需要换一下了!
Kate：我们最后都来到这里了!
两人打倒敌人后来到一条楼梯上，但是James旧伤又再发作，痛苦的他只有停下来捂着伤处。
Kate：坚持住!不要放弃啊!
James：不用担心，我不会就这么死掉!
James：Goldman的办公室就在上边!快走!
Kate上到Goldman办公室，开始联网
Kate：我们搞定了!
James：Goldman!
Goldman在电脑中留言
Goldman：首先，我得恭喜你们!别担心，我不想用核弹毁灭世界，因为我并不想杀光所有人类，我的目的只是把他们重新回复到初始状态。但是潘多拉的盒子已经打开了，我也没办法阻止它。如果你们能来到这儿，那事情还是有转机的。
Kate：James，那是……!!!
窗外轰隆作响，广场中心慢慢升起，最终生物(Ultimate Thing)The World在科技和巫术的作用下驾临人世!
James：Kate，我们走!
The World出场，两人跑到Goldman广场
The World：我是最终生物……世人已无希望，看我的死亡灭世之锤如雨般落下!
James：Kate，这就是我们最后的敌人，竭尽全力打败它吧!
The World第一形态打倒后进化成第二形态!两人陷入苦战!
打败The World后：
James：终于结束啦!
Kate：什么?!这东西竟然还在进化!
James：没办法了，我们必须把潘多拉的盒子关上，要不然我们就没有机会了!这是我们最后的希望，希望这东西能阻止它!Kate，永别了，记住永远不要放弃希望!
James手持微型定位器接近尚在进化中的最终生物，核弹如期击中目标，发生极其强烈的爆炸!
Kate:James!!!!!!!!!!!!!!
大爆炸后，空中漂浮着The World的碎片及残骸，Kate沮丧地发问
Kate：James...(喘气)接下来我应该怎么做?
爆机：
不同路线的结局。
Kate漫无目的的走出Goldman大楼，画面交错，音乐带有强烈宿命感和悲哀之情。
G出现在Goldman大楼广场中。
G：James，事情还没有完。我们会接着调查，直到查出事件的根源为止，现在你是时候休息了，安息吧，James。
G做了个再见的手势，
画面打出End字，End字下面的字幕显示故事会在《死亡之屋3》中继续。
另一结局：
画面切换到Goldman大楼的办公室
Goldman桌上的电脑还没有关机。
画面显示
Goldman慢慢地走着，突然回头挥手说话。
Goldman：希望还真奇妙，噢，对了，人类尚未完全灭绝，往北走吧，那儿还有希望的。
视频镜头出现Goldman的模样，竟然是一副骇人的丧尸形相，双目赤红，面部肌肉绽开，仿佛预示着下一场浩劫的来临……
画面打出End字，End字下面的字幕显示故事会在《死亡之屋3》中继续
