《霸三国志大战》设置了3种游戏模式，分别是玩家对战、锻炼模式以及群雄传。

　　玩家对战 透过连线，和店内的其他对手进行一对一的对战。不限制对手的配对条件，使对战更为刺激，战胜后可获得高报酬的奖励。战胜后，会根据双方的等级差异而给予对应的经验值成长。只要累积足够的经验值便可升官。若是战败也有可能经验值滑落而导致贬职。透过打败对手，玩家能争取更高的各种对战游戏排名，包括君主官阶排名、对战胜利数排名、对战连胜数排名等。除了店内机台排名外，成绩好的玩家游戏结束后会获得一组IR密码，只要抄录下来至官网登录，就有机会争取列入全国排名。

　　锻炼模式 从事先安排好的敌人牌组中自由挑选对战组合，其中包括了各式各样的敌人牌组，从简单的到艰巨的，一应俱全。在锻炼模式下，战斗胜利后一样可取得经验值增长，不过由于是自我锻炼，因此取得的经验值会比玩家对战稍少。

　　群雄传 提供魏传、蜀传、吴传等连续剧情让玩家进行游戏，融入三国演义的精彩情节里。为了更符合三国演义剧情，有些章节需要攻陷敌城才能过关，也有不失守就能通关的章节。